Liqeni i Shkodrës është liqen tektoniko karstik dhe gjendet rreth 5 metra mbi nivelin e detit, kurse thellësia e tillë maksimale është rreth 44 metra. Si rezultat i kësaj liqeni është i vendosur në kriptodepresion (Kriptodepresion është liqen kur sipërfaqja e tij është mbi nivelin e detit kurse fundi nën nivelin e detit, pra niveli i detit e ndan masen ujore të liqenit në dy pjesë të pabarabarta. Ngjashëm me këtë janë edhe liqenet e mëdha në Ameriken Veriore).
Në pjesën jugore nga liqeni buron lumi Buna i cili ka gjatësi 41 kilometra dhe derdhet në gjirin e Drinit në Detin Adriatik, ky lum është i vetmi i lundrueshëm që ka Shqipëria dhe njëherit e ndanë një pjesë të kufirit me Malin e Zi.
Liqeni është i pasur me botë bimore dhe shtazore. Këtu rriten rreth 34 lloje të peshqve, 7 prej tyre endemike. Gjithashtu në rrethinën e liqenit rriten rreth 270 lloje të zogjve. Si pasojë e kësaj liqeni shfrytëzohet në masë të madhe për peshkim, mirëpo gjuajtja ilegale po ndikon në dëmtimin e botës shtazore në liqen.